מים של המוביל הארצי מתאפיינים בעכירות נוכח חומר הסחף והתפתחות אצות קטנות כמו כן גם החד תאים בחודשים של אביב וסתיו.
תהליך הניקיון לרמת צלילות טובה מתבצעת בטכניקות שונות:הטיפול הפיזיקוכימי – למי אתר אשכול מוסף אלום סולפט לצרכי תהליך של הפתתה והשקעת החומר המרחף.
הטיפול הביולוגי – לוחמה ביולוגית בכדי לטפל באצות,ובחלזונות ובעלי חיים קטנים שבמים.היצורים הנ"ל נכנסים לתהליך ריבוי במאגרים,מעכירים ומזהמים את המאגר, כמו גם מוסיפים טעמי לוואי שאינם רצויים.לטובת לוחמה ביולוגית "נלחמים" דגים כדוגמת : דג הכסיף ודג הקרפיון.דגים שכאלה צורכים אצות ובעלי חיים קטנים.הפרשת הדג ששוקעת על קרקעית המאגרים נאכלת על ידי דג האמנון ודג הבורי,כמו גם הדגים הנוספים:דגי הלבראק –שהנו דג טורף שמדלל את דגיגי המאגר,ודג קרפיון שחור שאוכל את החלזונות.
בנוסף זן של "קרפיון מצוי" שאוכל זחלים של חרקים שחיים על הקרקעית.
הטיפול הכימי – בדרך כלל הכלרה ו/או אוזון מסנני החול- סינון בעזרת עמודות חול ענקיות מסנני הפחם- ספיחה בעזרת פחם פעיל לטובת שיפורי טעם וריחות.
ב: 27/6/2007 סיימה "מקורות" הקמתו של המתקן לסינון מרכזי של מי-מוביל .
תהליכי סינון מרכזיים הנם פשוטים ויעילים ומחכים פעילות ניקיון טבעית המתבצעת בטבע.
המסנן הענק הותקן ב-אתר אשכול בעמק בית-נטופה ומטפל בכל המים שמגיעים מהכינרת אך לפני זרימתם בצנרת המים בדרך אל אזרחי ישראל באשר הם.
בתוך צנרת המוביל מועברים כ- 400 מיליון מטר/קוב בשנה ומערכות המסננות החדישות תסננה כ- 1,800,000 קוב מידי יום .
זה למעשה מסנן מים ענק גם בקנה מידה עולמי,והטענה שהוא מפיק מים ברמות של מים מינראליים…השאלה האם זו דוגמא טובה להשוואה או לא.
מדינת ישראל ניצבת בחזית הקדמית של המדינות בעולם המערבי שמטפלות באיכויות מי שתייה .
למערכת המים הארצית מחוברות נכון להיום מרביתן של ערי המרכז.
הטיהור מתוכנן להרחקה של חלקיקים קטנטנים מהמים ויוריד את רמות ה-NTU כלומר רמות העכירות שבמים.
בהתאמה לתקנים המעודכנים ביותר וגם התקנים הבינלאומיים לאיכויות מי השתייה. בתהליכי סינון זה יועברו מים בתוך סנני חול וסנני פחם פעיל.
כמו כן שולב בסינון מערכת העשרת המים בפלואור שמסייע למניעת בריחה של סידן
לאחרונה החליט שר הבריאות ליצמן שכל עיר תחליט האם ברצונה להפליר את המים או לא.
חייבים להודות לשר ליצמן על היוזמה ועל ההחלטה הנכונה,לראיה במשך שנים רבות מנסים אין סוף פורומים להוריד את הכנסת הפלואור למי השתייה והשר ליצמן עשה זאת בכבוד!