"משק המים" הישראלי כולל הפקת המים השפירים והספקתם לתושבי ישראל כמו גם סילוקם וטיפול בשפכים.חוק עיקרי הדן בנושא ניהול משק המים בישראל הנו "חוק המים 1959" שקובע שמקורות מים במדינה ובכללם מי ביוב שמזוהמים בדרך למכוני
טיהור מים הנם קניין ציבורי ונתונים לשליטת המדינה לייעוד צורכי התושבים ולפיתוח בארץ.
המשרד לתשתיות לאומיות, שבו מתפקדת נציבות המים,למעשה נושא באחראיות בדבר ניהול משק המים בישראל,מתוך נאמנותה של המדינה לפיתוח מקורות המים לטובת תושבי ישראל.המשימה הראשונה של ניהול המים היא הפקת מים ממקורות המים והובלה לצרכן.
משימת ניהול המים כוללת את שלבי:ההפקה,האגירה,ההובלה ואספקת המים לצרכן נעשית על ידי ע"י מכונים שמכונים מפעלי המים.בחלקם מופעלים בעזרת "מקורות" בכל הארץ על ידי המוביל הארצי וחלקם אזוריים,כדוגמת רשויות מקומיות המספקות מים לתושבים משאיבות ממעיינות הנמצאים ברשותה.שרי החקלאות במשך הקדנציות מחזיקים בסמכות מקבילה לשרי התשתיות הלאומיות במה שקשור להקצאות מי חקלאות,וגם סמכויות לחלוקת המכסות שהוקצבו ע"י שרי התשתיות החקלאיות.
בשלבי הפקת מים שייעודם לשתייה מעורבים גם משרדי הבריאות.
חובה חוקית להספקת מי השתייה לתושבים שבמדינה וטיפול במי שופכין רובצת על רשויות מקומיות כלומר עיריות ומועצות.תוכניות להקמת מתקני טיהור מי שופכין שמהם תסולק מי הקולחים מחוץ לתחומי הרשויות,חייבת את אישורם של השרים לתשתיות לאומיות.
פה בדיוק מוחזר הכדור בחזרה למשרדי הבריאות ואיכויות הסביבה.משרדי הבריאות קובעים את התקנים לרמות הטיהור הנדרשות לטיפולי מי השופכין בכדי להפכם למי קולחים לשימושם בענפי החקלאות והתעשייה.משרדי איכות הסביבה רשאים לאכוף חוקים לטיפולים במי שופכין ולנקיטת הליכים משפט כנגד הגורמים לזיהומי מקורות המים.פה נכנסים לתמונה משרדי המשפטים הדנים בסוגיית העבירה על החוק.והאחרון שאינו חביב ברשימה הנו משרד האוצר בעל השפעה מרבית למצב משק המים במדינה הן באישורים והן בתקצוב הפרויקטים מכאן נובע הקושי בקידום הפרויקטים.משקי המים במדינה כוללים מערכת פיזית וארגונית שעוסקת בהפקות המים ובאספקה לאזרחים.בתחילתה של המאה ה-21 ניצבו משקי המים בזמן מעבר מבחינת מטרות עקרוניות ואופן הפעלתן.כנאמר בעבר,מטרה ראשונית הייתה באספקת המים למטרות חקלאיות,וזאת בכדי להפריח את השממה.המטרה הזו גרמה למחירי מים נמוכים לטובת החקלאות,בכדי לעודד שימושים רבים במים שפירים ולמעשה היוו גורם לבזבוזי מים שהנם משאב חשוב.מדיניות זאת גרמה לעידודם של החקלאים לגידול גידולים זוללי מים ובמקרים לא מעטים ללא כדאיות כלכלית.
גם היום ישנם מקטרגים בסבסוד ענף החקלאות כמקובל בעולם ובמדינות אירופה וארה"ב בפרט.כל זאת בכדי ליצור אי תלות במקור אספקת תוצרתם החקלאית אל חוץ המדינה ובכדי להגן בדבקות על הידע וניסיון מקצועי שהצטבר במדינה לאורך עשורים של חקלאות מתקדמת.עד סוף שנות האלפיים אספקות עירוניות לא סבלו מחוסר מים, היות והאוכלוסייה הייתה קטנה באופן יחסי,כך שצריכת המים הייתה קטנה.לאחרונה אנו מרגישים היטב שינוי במצב זה, מה שמביא לשינויי יעדים באספקות המים.כיום היעד החשוב הנו אספקת מים גם שפירים וגם איכותיים לאזרחי מדינת ישראל,והאספקה למטרות חקלאיות הנה יעד משני.
לצורך זה חייבים לפעול ב-2 מישורים עיקריים:
הקצאת מים שפירים מחקלאות לטובת הצריכה העירונית , בשנת 1997 הומלץ על ידי הוועדה הציבורית לעלות בהדרגתיות את המחירים של המים ולהעניק פיצוי לחקלאים בשל נזק עתידי בהקטנת ההכנסות.המסר של החלטה זאת הנו לעודד ולייעל את צריכה חקלאית,וחיסכון במעבר לגידולים בעלי צריכת מים נמוכה.
פיתוחים נוספים למקורות המים:
החיסכון במים העירוניים,ייעולים בענף החקלאי,החיסכון בענפי התעשייה
תהליכי התפלה,שימושי מי קולחין להשקיה
חייבים לציין שבעיות המים הן שתקבענה נופים פיזיים ואנושיים במדינתנו.