אוזון הנו גז יעיל כנגד חיידקים ווירוסים ונחשב למחטא יעיל וטוב למן הסתם חייבים תכנון נכון,כמו כן לדייק בכמות רמת האוזון שמוחדרת למי התהליך ונמדדת ביחידות של "גרם" בהתאם לצריכת המים.
חייבים לייחס חשיבות גדולה לביצוע אנליזת מים לווידוי אי כניסה האוזון לתהליך העלול להזיק הן לתוצאה והן לאנשים סביב מתקן המייצר את האוזון.
גז האוזון מאובחן ממש בקלות בהרחה המזכירה ריח של אחרי גשם אין הדבר מעיד על תהליך לא נכון ו/או על בריחת גז האוזון מתוך התהליך
אך כדאי כאמור לשלוט בכל שלבי התהליך לכן, את האוזון העודף אשר נפלט מהתהליך כדאי ללכוד בתוך סינון של פחם לא פעיל (לא אקטיבי).
פשטות התהליך מעניקה ליצרני ג'קוזים ובריכות שחייה להשתמש במחולל אוזון כדי להמעיט בכמות שימושי הכלור שהוא בעייתי בגלל הריח,מגע בעניים,אדים בתהליך הנשימה,אחסון,ועלות אחזקה כמו גם היכולת ליצור חומר כלור-אורגני מסרטן אפילו בנשימת אדי כלור,הסרבול בשימוש בכלור בבריכות שחייה גורם למפגע נוסף שהוא הסעת הכלור ע"י משאיות לאחסון נוזל הכלור דבר הגורם לחומרים מסוכנים לנוע בכבישי ארצנו ומהווים סכנה במיוחד בעת דליפה ובמיוחד תאונות דרכים בלתי נמנעות.
אוזון נחשב כאמצעי חיטוי טוב אבל מהירות הפירוק במים מהווה מכשול לכן נעזרים בתוספת קטנה של כלור.החיסרון הוא העלויות הגבוהות.
כשכלור מתווסף למים ומתרכב איתם הוא יוצר "חומצה היפו כלורית" המשמש גורם חיטוי למים. הכלור הנותר שלא מתערבב עם מים הוא גורם פעיל בהשמדת חיידקים.
לכלור מספר חסרונות: ביניהם טעמים/ריחות לוואי ויצירת תוצרי לוואי מסרטנים הכלור קוטל את חיידקים ונגיפים באופן יעיל,אך בריכוז גבוהה של חומר אורגני, מתרכבים אל הכלור ומייצרים חומר מזיק הנקרא טריהלומתאן. חלק מהטריהלומתאנים רעיל ומסרטן.
שנת 1999 נקבע לחומר זה תקן מרבי המותר במי שתייה של 100 מיקרוגרם/ליטר. מניעת נגזרות של טריהלומתאנים בעזרת שימושים במינונים נמוכים של כלור.
בנוסף ניתן להוריד תוצר לוואי של כלור ע"י היא סינון החומרים האורגניים מהמים וכל זאת לפני תוספת של כלור. מיושם במיוחד בשימושי מי כינרת שמכילים חומרים אורגניים יחסית למי התהום.
נוהגים כיום לחטא בעזרת כלור דיאוקסיד- 2ClO שאינו מייצר תרכובת מסרטנת וחסר
ריח/טעם לוואי.
סינון תת מיקרוני-מסנן מתחת ל0.45 מיקרון ומבטיח מים החופשיים מחיידקים,יש ורוצים להרחיק וירוסים חייבים רמת סינון של מתחת ל-0.01 מיקרון.